当股东因特定原因，如抽逃出资等违法行为被公司除名后，其从注册资金中除名的流程并非简单直接，而是需要遵循一系列的法律程序和规定。以下是一个清晰、详细且有深度的解答：
一、除名决定的合法性
首先，公司必须确保除名决定的合法性。根据《最高人民法院关于适用中华人民共和国公司法若干问题的规定(三)》第十七条，如果有限责任公司的股东未履行出资义务或者抽逃全部出资，并且经公司催告后在合理期间内仍未缴纳或返还出资，那么公司可以通过股东会决议解除该股东的股东资格。
二、办理法定减资程序
股东会决议：在确认除名决定的合法性后，公司需要召开股东会，并通过正式决议来确认该股东的除名以及相应的减资事宜。决议应明确减资的数额、方式以及时间等关键细节。
编制资产负债表及财产清单：公司需要编制当前的资产负债表及财产清单，以清晰展示公司的财务状况和资产状况。
通知与公告：根据相关法律法规，公司需要在规定的时间内通知所有债权人，并在指定的媒体上发布减资公告，以确保债权人的知情权。
债权人保护：在减资过程中，公司必须确保债权人的利益不受损害。如果债权人提出异议或要求清偿债务，公司应依法进行处理。
变更登记：完成上述步骤后，公司需要向工商登记部门提交相关材料，包括股东会决议、资产负债表、财产清单以及减资公告等，以办理注册资本的变更登记手续。
三、其他股东或第三人缴纳出资
如果公司选择由其他股东或第三人缴纳被除名股东应缴的出资，那么需要签订相应的出资协议，并办理相关的股权变更手续。这同样需要遵循公司法和相关法规的规定。
四、注意事项
法律合规：在整个过程中，公司必须确保所有行为的法律合规性，避免触犯相关法律法规而引发不必要的法律风险。
保护债权人利益：在减资过程中，应特别注意保护债权人的利益，确保他们的知情权、异议权和求偿权得到充分保障。
及时办理手续：一旦完成除名和减资的决定，公司应及时办理相关的变更登记手续，以确保公司信息的准确性和合法性。
综上所述，股东除名后从注册资金中除名的过程涉及多个法律程序和规定，需要公司谨慎操作并确保所有行为的合法性和合规性。