全体股东签字但公司没有盖章的补充协议，在一般情况下是有效的。但其有效性还取决于多个具体因素，以下是对此问题的详细分析：

1. 协议有效的基本条件：

   • 行为人具有民事行为能力：签订协议的股东必须具备完全民事行为能力。
   • 意思表示真实：协议内容需反映股东的真实意愿，无欺诈、胁迫等情形。
   • 内容合法：协议条款不得违反法律、行政法规的强制性规定。
   • 形式合规：股东协议通常采用书面形式，并由双方签字或盖章。在此情况下，虽未盖章，但全体股东签字已体现了双方合意。

2. 特殊情形下的效力分析：

   • 公司章程规定：如公司章程对协议事项有特别规定，且不与法律相冲突，则公司章程优先。
   • 法定程序：涉及公司重大事项的协议，需遵循法律或公司章程规定的程序。
   • 股东身份与权限：签字股东需具备股东身份，且其签字行为需在权限范围内。

3. 未盖章的影响：

   • 未盖章通常不影响协议的效力，只要协议内容真实、合法，且签字股东具有相应权限。
   • 但若协议中明确约定“必须盖章才生效”，则未盖章时协议无效。

4. 法律后果与建议：

   • 如协议有效，则双方应依约履行。
   • 如因未盖章引发争议，可寻求法律途径解决，如诉讼或仲裁。
   • 为避免未来纠纷，建议在签订协议时同时盖章，或明确约定签字即生效的条款。

综上所述，全体股东签字但公司未盖章的补充协议，在一般情况下是有效的，但具体效力还需根据协议内容、签订背景及法律法规等因素综合判断。如有任何疑问或需要进一步的法律建议，请直接向我咨询。