在办理快递企业公益诉讼案件中，可能会存在以下几个主要问题：

一、法律法规依据不明确或不完善

快递行业作为新兴且快速发展的行业，相关法律法规可能未能及时跟进，导致在办理公益诉讼案件时，法律依据不明确或缺乏具体的法律条款来支持。这可能会给案件的办理带来一定的困难，需要检察官和相关部门在法律框架内进行探索和解读。

二、证据收集与固定难度大

快递服务过程中的不规范行为，如不按时投递、私自更改服务范围等，往往具有瞬时性和隐蔽性，证据难以收集和固定。这要求办案人员具备较高的专业素养和敏锐的洞察力，能够及时发现并固定相关证据，以确保案件的顺利办理。

三、涉及主体多，协调难度大

快递企业公益诉讼案件往往涉及多个主体，包括快递企业、消费者、邮政管理部门等。这些主体之间的利益诉求和立场可能各不相同，导致在案件办理过程中协调难度大。检察官需要花费大量的时间和精力进行沟通和协调，以确保各方利益的平衡和案件的顺利推进。

四、整改与落实效果难以保证

即使案件得到了判决或达成了和解，快递企业的整改与落实效果也可能难以保证。一些企业可能只是表面上做出整改，实际上并未真正改变不规范的经营行为。这需要检察官和相关部门加强后续监督，确保判决或和解协议得到有效执行。

五、公众参与度不高

公益诉讼案件往往涉及广大消费者的切身利益，但由于信息不对称、参与渠道不畅等原因，公众参与度可能不高。这可能导致案件办理过程中缺乏足够的公众监督和支持，影响案件的办理效果和社会影响力。

综上所述，在办理快递企业公益诉讼案件中，需要检察官和相关部门充分认识到这些问题的存在，并采取相应的措施加以应对。例如，加强法律法规的研究和制定、提高证据收集和固定的能力、加强各方主体的沟通和协调、加强后续监督和执行力度、提高公众参与度等。这样才能更好地保护消费者的合法权益，规范快递市场的经营秩序，促进快递行业的健康发展。