税务机关在公益诉讼中面临的问题、做法以及意见建议可以归纳为以下几点：
一、面临的问题
- 法律制度完善性：随着行政公益诉讼制度的不断完善，税务机关作为被监督对象，需要适应新的法律环境，确保自身行为符合法律要求。
- 执法风险增加：税务机关在税收执法过程中，可能因执法不当或疏漏而面临被检察机关提起公益诉讼的风险。
- 信息共享与部门协作：税务机关与检察机关之间的信息共享和部门协作水平有待提高，以确保公益诉讼工作的顺利进行。
二、做法
凝聚共识，明确流程：
- 成立专门的工作领导小组，制定应对工作指引，明确应对流程。
- 统一认识，确保快速反应、积极应对、认真核实、按期回复、整改到位、依法履职。
快速反应，核查整改：
- 以检察建议为参照，快速启动调查核实机制。
- 实行“清单式”问题整改销号制度，确保问题得到及时解决。
- 全面自查，提前发现问题，严格落实整改。
良好互动，强化应对：
- 与检察机关保持良好的沟通，加强协作配合。
- 邀请检察机关开展专题培训，加深其对税费服务、优惠政策及征管流程的了解。
堵塞漏洞，规范执法：
- 收集税收执法中的难点堵点问题，建立台账，积极沟通、协调、反馈。
- 开展全面系统整治，优化营商环境专项行动。
- 对于涉税信息不畅等问题，积极向地方党委政府汇报，促进部门协作常态化、制度化、规范化。
三、意见建议
进一步规范税务执法行为：
- 严格落实税收法定原则，排查各税种在税款征收、政策执行等环节的易发风险点。
- 厘清在社保费征收、非税收入划转中的部门职责边界，确保法定职责必须为、法无授权不可为。
进一步用好税务执法监督体系：
- 统筹内部监督资源，发挥纪检、督察内审和其他监督检查部门的优势。
- 落实重大决策合法性审查机制，加强税务规范化管理和内控机制建设。
- 凝聚外部监督合力，充分发挥法院、检察机关、纳税人及社会群体等外部组织的监督力量。
进一步构建风险联动工作机制：
- 坚持共建共治共享理念，持续提升依法治税效能。
- 对税务机关内部各部门权力和对应职责进行明确划分，形成有效的执法协同机制。
- 积极落实以地方政府为主导、以税务机关为中心、其他各部门横向配合的紧密协同治税体系。
综上所述，税务机关在公益诉讼中需要积极应对挑战，通过明确流程、快速反应、强化应对、规范执法等措施来降低执法风险。同时，还需要进一步完善税务执法监督体系和风险联动工作机制，以确保税收工作的合法性和规范性。