针对您提出的问题，企业干部被企业纪委查询到微信转账1000元收入且无法解释清楚，这是一个涉及企业内部纪律审查和可能涉及法律问题的复杂情况。以下是我给出的处理建议：

1. 立即配合调查：

   • 首先，该干部应立即配合企业纪委的调查，提供尽可能详细的信息和资料，包括转账记录、聊天记录等，以协助纪委查清事实。

2. 寻求专业法律意见：

   • 在配合调查的同时，该干部可以咨询我这样的专业律师，了解可能涉及的法律风险，以及如何在法律框架内维护自己的合法权益。

3. 主动说明情况：

   • 如果确实存在无法解释清楚的情况，应主动向纪委说明，并表达愿意积极配合调查、澄清事实的意愿。

4. 保留证据，备查：

   • 该干部应妥善保留所有与转账相关的证据，包括但不限于转账记录、通讯记录等，以备后续可能需要的法律程序或内部审查。

5. 遵守企业内部规定：

   • 在整个过程中，应严格遵守企业的内部规定和纪律要求，避免因为不当行为而加重自己的责任。

6. 考虑后续处理：

   • 根据纪委的调查结果，该干部可能需要面临相应的纪律处分或法律后果。在此情况下，应依据事实和法律规定，积极应对并寻求合理的解决方案。

综上所述，面对企业纪委的查询，该干部应积极配合、主动说明情况，并寻求专业法律意见以维护自己的合法权益。同时，也应严格遵守企业内部规定，避免不当行为带来的额外风险。