合作协议中的公司可以是协议的主体。下面我来详细解释一下：

在合作协议中，主体通常指的是参与协议签订并承担相应权利与义务的法律实体。公司作为一种法人组织，具有独立的法律地位，能够以其自身名义签订协议，并承担相应的法律责任。因此，在合作协议中，公司完全可以作为协议的一方主体出现。

举个例子，如果A公司与B公司就某个项目达成合作，并签订了合作协议，那么这份协议的主体就是A公司和B公司。协议中会明确双方的权利、义务以及合作的具体内容，一旦协议生效，双方都需要按照协议的约定来履行，否则就需要承担相应的违约责任。

所以，当你看到合作协议时，如果其中一方是公司，那么这家公司就是该协议的主体之一。如果你对合作协议的具体内容或者公司的主体地位有任何疑问，都可以直接向我咨询，我会为你提供专业的法律解答。