公司与公司之间的合作，既可以签订合同，也可以签订协议，二者均具备法律效力，但具体选择应根据合作的具体内容和需求来决定。以下从多个角度为您详细分析：
一、协议与合同的适用场景及特点
协议：
- 适用场景：协议更适用于相对简单、灵活，权利义务关系不太复杂的合作。例如，两家公司就某一短期项目或初步合作意向达成的约定，或者作为后续具体合作的基础框架性约定。
- 特点：协议的形式较为宽松，内容可能不像合同那样详细、具体。它更注重双方的合作意愿和初步安排，变更和解除相对容易，只要双方协商一致即可。
合同：
- 适用场景：当两家公司之间的权利义务关系较为复杂、涉及金额较大、履行期限较长时，通常签订合同更为合适。如技术转让合同、长期供货合同、合资合作合同等，这些合同涉及多方面的详细规定，需要明确的条款来保障双方的权益。
- 特点：合同具有更严格的格式和内容要求，通常会包含合同的主要条款，如当事人信息、标的、数量、质量、价款、履行期限、地点和方式、违约责任等。合同一旦签订，双方需严格履行，变更和解除需遵循法律程序和条件。
二、如何选择签订协议还是合同
在选择签订协议还是合同时，应主要考虑以下因素：
- 约定内容的复杂性和重要性：如果约定内容涉及重大利益、长期合作或详细条款，建议签订合同以确保双方权益得到充分保障。例如，两家公司计划共同投资一个大型项目，涉及资金、技术、市场等多方面的合作，此时签订合同将更为稳妥。
- 合作的灵活性和紧迫性：对于简单、临时或灵活性较高的合作，协议可能更为适合。例如，两家公司就某一短期市场推广活动达成合作意向，此时签订协议可以更快地推进合作进程。
- 法律要求和行业惯例：某些情况下，法律或行业惯例可能对协议或合同的使用有特定要求。例如，在某些特定行业或领域，可能要求必须签订书面合同才能生效或享受某些政策优惠。
三、法律建议
- 明确合作内容和需求：在签订协议或合同前，双方应明确合作的具体内容和需求，包括合作目标、权利义务、履行期限、违约责任等。这将有助于选择合适的文书形式并确保合同条款的完整性和准确性。
- 咨询专业法律人士：虽然协议和合同均具备法律效力，但它们的法律效果和适用范围存在差异。因此，在签订前建议咨询专业法律人士，以确保所选文书形式符合法律要求和行业惯例，并充分保障双方的合法权益。
- 严格履行合同义务：无论签订的是协议还是合同，双方都应严格履行其中的约定。如因一方违约导致合作无法继续进行或造成损失的，违约方应承担相应的法律责任。
总结来说，公司与公司之间的合作选择签订协议还是合同，应根据合作的具体内容和需求来决定。如有任何疑问或不确定之处，可以直接向我咨询，我将根据您的具体情况提供专业的法律建议。