私募股权基金回购协议在符合相关法律法规和特定条件的情况下是合法的。以下是对此问题的详细分析：
一、有效的情形
双方真实意愿且不违反法律法规：
- 根据《民法典》第一百四十三条，私募股权基金回购协议需基于各方当事人的平等、自愿和真实意思表示，且不得违反法律、行政法规的强制性规定或违背公序良俗。若私募股权基金与投资者在公平协商后签订回购协议，且内容合法，则该协议有效。
符合公司章程与法定情形：
- 私募股权基金作为公司形式存在时，其回购协议需与公司章程中的相关规定相符。同时，公司回购股份需遵循法定情形，如减少注册资本、股东离职等，并需按照法定程序进行审批或登记。
明确且合法的条款：
- 回购协议中应清晰约定回购价格、支付时间、方式及条件等关键条款，并确保这些条款符合相关法律法规的要求。例如，回购价格的计算方式应合法合理，不得损害其他股东或债权人的合法权益。
签署人具备民事行为能力：
- 签署私募股权基金回购协议的双方必须具备相应的民事行为能力。对于公司而言，需确保有合法的授权和决策程序；对于个人投资者，则需确认其具备完全民事行为能力。
二、可能导致无效的情形
违反法律法规强制性规定：
- 若私募股权基金回购协议的内容违反了法律、行政法规的强制性规定，如涉及非法集资、欺诈等违法行为，该协议将被认定为无效。
恶意串通损害他人利益：
- 若私募股权基金与投资者恶意串通，通过回购协议损害其他股东、债权人的合法权益，该协议将无效。
意思表示不真实：
- 如一方通过欺诈、胁迫等手段迫使对方签订回购协议，受欺诈或胁迫的一方有权请求法院或仲裁机构撤销该协议，撤销后协议自始无效。
违反公司章程或未经必要审批：
- 若私募股权基金回购协议违反了公司章程的相关规定，或未按照法定程序进行审批或登记，该协议可能被视为无效。特别是上市公司，需严格遵循信息披露和审批流程。
三、实际操作建议
- 在签订私募股权基金回购协议前，务必进行全面的法律审查，确保协议内容的合法性、合规性及可执行性。
- 建议咨询专业律师或法律顾问，以获取针对具体情况的法律意见和指导，确保协议的合法性和有效性。
- 注意保留相关证据和文件，以便在必要时证明协议的合法性和有效性。
综上所述，私募股权基金回购协议的合法性取决于多个关键因素。只有在所有要素均满足的情况下，该协议才能被认定为有效。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。