针对您提出的“工程招标时合同与投标文件格式的逾期交工违约金条款不一致”的问题，以下是我的详细解答：

结论：在工程招标过程中，如果合同与投标文件关于逾期交工违约金条款存在不一致，通常应以招标文件、投标文件以及中标通知书作为结算工程价款和确定违约责任的依据。不过，这种不一致并不必然导致工程施工合同无效，除非它涉及到了工程的实质性内容。

分析说明：

1. 实质性内容与非实质性内容的区分：

   • 实质性内容：主要包括工程范围、建设工期、工程质量、工程价款等。如果合同在这些方面与招标文件、投标文件不一致，可能会导致合同无效或引发结算争议。
   • 非实质性内容：如违约责任、争议解决条款等。这些条款的不一致通常不会直接导致合同无效，但可能会影响合同的执行和争议解决方式。

2. 法律依据：

   • 根据《建工司法解释(一)》第22条，如果施工合同中约定的内容（如工程价款）与招标文件、投标文件、中标通知书不一致，人民法院将支持以招标文件、投标文件、中标通知书作为结算工程价款的依据。
   • 同时，法律法规也并未规定所有条款的不一致都会导致合同无效，而是针对实质性内容的不一致有特别规定。

3. 处理建议：

   • 核查与对比：首先，应仔细核查合同与招标文件、投标文件关于逾期交工违约金条款的具体内容，明确不一致之处。
   • 沟通与协商：如果确实存在不一致，建议与合同对方进行沟通，尝试达成一致意见，并修改合同或签订补充协议以消除不一致。
   • 法律咨询：如果沟通无果或涉及复杂法律问题，建议咨询专业律师（如本人），以获取更具体的法律建议和解决方案。

4. 特别注意：

   • 在处理此类问题时，应特别注意保留所有相关文件（如招标文件、投标文件、合同等）的原件或复印件，以便在必要时作为证据使用。
   • 另外，如果工程中标后基础条件发生了重大变化，导致继续履行合同对一方明显不公平，受不利影响的当事人可以依据《民法典》第533条与对方重新协商合同内容。

综上所述，当合同与投标文件关于逾期交工违约金条款不一致时，应首先明确不一致的性质（实质性还是非实质性），然后依据相关法律法规和实际情况进行处理。如有需要，欢迎随时向我咨询具体的法律问题。