辞职时老板扣钱是否合法，主要取决于扣钱的理由和方式是否符合法律法规。一般情况下，老板无故克扣员工工资是违法的；但在特定情况下，如员工给公司造成经济损失等，老板有权依法扣除相应款项。
一、不合法的情况
无故克扣工资：
- 根据《中华人民共和国劳动法》及《工资支付暂行规定》，工资应当以货币形式按月支付给劳动者本人，不得克扣或者无故拖欠劳动者的工资。
- 如果老板仅仅因为员工辞职就扣钱，没有合理依据和法律规定，这种做法是违法的。例如，员工按照正常流程提前通知公司辞职，公司却无故扣除员工当月工资的一定比例，这侵犯了员工获得劳动报酬的权利。
违法设定违约金：
- 根据《劳动合同法》，除两种法定情形外（即用人单位提供专项培训并约定服务期、保密及竞业限制），用人单位不得与劳动者约定由劳动者承担违约金。
- 如果公司在不符合上述法定情形下，因员工辞职而扣钱作为违约金，是不合法的。
二、合法的情况
员工给公司造成经济损失：
- 如果员工在辞职过程中，因故意或重大过失给用人单位造成经济损失，用人单位可按照劳动合同的约定要求其赔偿经济损失。
- 经济损失的赔偿可从员工工资中扣除，但每月扣除的部分不得超过员工当月工资的20%，且扣除后的剩余工资部分不得低于当地月最低工资标准。
公司有明确的规章制度：
- 如果公司有经过民主程序制定并向员工公示的明确规章制度，规定在员工辞职时可扣除一定款项，且扣除方式符合法律法规，那么这种扣除可能是合法的。
三、员工权益保护
- 如果公司无正当理由扣除了员工的工资，员工可以通过以下途径维护自己的权益：
- 首先与公司进行协商，要求公司说明扣款的理由和依据；
- 如果协商无果，可以向当地劳动监察部门投诉，要求调查处理；
- 必要时，还可以申请劳动仲裁或提起诉讼，维护自己的合法权益。
综上所述，辞职时老板扣钱是否合法需根据具体情况判断。如果老板无故克扣工资或违法设定违约金，员工有权依法维护自己的权益。如果扣款有合法依据且符合法律法规的规定，员工则应当接受。