在县级公路边沟上下设置两根管道，如果未经相关交通主管部门同意，是违法的。具体分析如下：

法规依据

根据《中华人民共和国公路法》的相关规定：

• 第四十四条：任何单位和个人不得擅自占用、挖掘公路。因特殊需要占用、挖掘公路或者使公路改线的，必须事先征得有关交通主管部门的同意，并按照不低于该段公路原有的技术标准予以修复、改建或者给予相应的经济补偿。
• 第四十五条：跨越、穿越公路修建桥梁、渡槽或者架设、埋设管线等设施的，以及在公路用地范围内架设、埋设管线、电缆等设施的，也应当事先经有关交通主管部门同意，并符合公路工程技术标准的要求。对公路造成损坏的，应当按照损坏程度给予补偿。

具体分析

1. 行为性质：在县级公路边沟上下设置管道，属于跨越、穿越公路埋设管线的行为。
2. 合法性要求：根据上述法律规定，此类行为必须事先经有关交通主管部门同意，否则即为违法。
3. 潜在后果：未经同意擅自设置管道，不仅违反法律法规，还可能影响公路排水系统的正常运行，对道路安全构成潜在威胁。

结论与建议

因此，在县级公路边沟上下设置两根管道，如果未经相关交通主管部门同意，是违法的。建议你在进行此类行为前，务必咨询并征得相关交通主管部门的同意，确保行为的合法性，并避免可能带来的法律风险和安全隐患。如果你有任何疑问或需要进一步的法律咨询，可以直接向我提问。