针对“药店的塑料袋未能及时入库店员需要3倍处罚是否合理”的问题，首先我们需要明确的是，处罚的合理性主要取决于公司内部的管理规定以及相关的法律法规。以下是对这一问题的详细分析：

1. 公司内部管理规定：

   • 药店作为经营主体，有权制定内部的管理规定和奖惩制度。如果药店的管理规定中明确规定了塑料袋未能及时入库的处罚标准，且该规定不违反法律法规的强制性规定，那么按照该规定进行处罚是合理的。
   • 如果管理规定中并未明确3倍处罚的具体条款，或者处罚标准过高，显失公平，那么该处罚可能就不合理。

2. 法律法规的约束：

   • 在劳动关系中，用人单位对劳动者的处罚应当遵循合法、合理、公正的原则。处罚措施应当与劳动者的过错程度、造成的损害后果等因素相适应。
   • 如果药店对店员的处罚违反了《劳动法》、《劳动合同法》等法律法规的相关规定，如处罚过重、未经法定程序等，那么该处罚就是不合法的。

3. 综合考虑：

   • 在判断处罚是否合理时，需要综合考虑药店的管理规定、法律法规的约束以及店员的具体行为等因素。
   • 如果药店的处罚措施既符合公司内部管理规定，又不违反法律法规的强制性规定，且处罚标准与店员的过错程度相适应，那么该处罚就是合理的。

综上所述，药店对店员因塑料袋未能及时入库而进行3倍处罚是否合理，取决于药店的管理规定以及相关的法律法规。如果处罚措施符合上述条件，那么处罚是合理的；反之，如果处罚措施存在违法或显失公平的情况，那么店员有权提出异议并寻求法律救济。因此，无法直接给出是否合理的结论，而需要根据具体情况进行判断。如果你有相关的法律问题或需要进一步的咨询，可以直接向我提问。