当员工因不能胜任工作被劝退时，用人单位需按照法定程序操作，并支付相应的经济补偿。具体赔偿方式如下：

1. 法定程序与经济补偿：

   • 根据《中华人民共和国劳动合同法》，用人单位在发现员工不能胜任工作时，不能直接解除劳动合同，而应先对员工进行培训或调整工作岗位。
   • 若员工经过培训或调岗后仍不能胜任工作，用人单位可以提前三十日以书面形式通知劳动者本人或者额外支付劳动者一个月工资后，解除劳动合同。
   • 解除劳动合同的同时，用人单位需按劳动者在本单位工作的年限，每满一年支付一个月工资的标准向劳动者支付经济补偿。六个月以上不满一年的，按一年计算；不满六个月的，支付半个月工资的经济补偿。

2. 经济补偿的计算：

   • 月工资指劳动者在劳动合同解除或者终止前十二个月的平均工资。
   • 若劳动者月工资高于用人单位所在直辖市、设区的市级人民政府公布的本地区上年度职工月平均工资三倍，经济补偿标准按职工月平均工资三倍的数额支付，且支付经济补偿的年限最高不超过十二年。

3. 违法解除的后果：

   • 若用人单位未履行法定程序，如未进行培训或调岗就直接劝退员工，则构成违法解除劳动合同。
   • 在这种情况下，用人单位需按经济补偿标准的二倍向劳动者支付赔偿金。

4. 举例说明：

   • 假设员工小张在某公司工作了3年零4个月，月工资为8000元，公司所在地上年度职工月平均工资为6000元。
   • 若公司合法解除与小张的劳动合同，应支付的经济补偿为3.5×8000=28000元。
   • 若公司违法解除与小张的劳动合同，则应支付的赔偿金为2×3.5×8000=56000元。

综上所述，员工因不能胜任工作被劝退时的赔偿问题涉及多个法律知识点，包括法定程序、经济补偿的计算以及违法解除的后果等。用人单位应严格遵循法定程序，确保自身行为的合法性，并妥善处理好与员工的经济补偿事宜。员工也应了解自己的权益，若遭遇未履行法定程序的辞退，应勇于维护自己的合法权益。