当领导过问案件时，处理的方式需要严格遵循相关的法律法规和规定，特别是“三个规定”中的《领导干部干预司法活动、插手具体案件处理的记录、通报和责任追究规定》。以下是对此情况的详细解答：
首先，要明确领导过问案件的性质。如果领导是以正当方式了解案件进展或提供必要指导，这并不构成干预司法。然而，如果领导试图通过不当手段影响案件处理结果，如为案件当事人请托说情、要求办案人员私下会见当事人或其相关人等，这些行为就违反了“三个规定”，属于不当干预司法。
面对领导的不当干预，司法人员应当采取以下措施：
全程留痕，如实记录：司法人员应全面、如实记录领导干预司法活动的具体情况，包括时间、地点、方式、内容等，确保有据可查。这是保护自己免受不当指责或报复的重要依据。
及时上报：记录完成后，司法人员应及时将记录情况上报给负有干部管理权限的机关纪检监察部门。这有助于上级部门及时了解情况，并采取相应措施防止干预行为对司法公正产生不良影响。
坚守原则，拒绝干预：司法人员应坚守法律原则，明确拒绝领导的任何不当干预要求。同时，可以向领导解释相关法律法规和“三个规定”的要求，以及干预司法可能带来的严重后果。
寻求法律和组织保护：如果司法人员因如实记录或拒绝干预而遭受打击报复，他们应依法向有关部门反映情况，并寻求法律和组织保护。相关部门将依法对报复行为进行查处，确保司法人员的合法权益得到维护。
此外，对于领导而言，也应自觉遵守“三个规定”，不干预司法活动，尊重司法独立和公正。领导可以通过正当途径了解案件进展，如参加庭审旁听、查阅公开信息等，但不得对案件处理结果提出不当要求或施加压力。
综上所述，处理领导过问案件的情况需要严格遵守相关法律法规和规定，确保司法独立和公正。司法人员应坚守原则，如实记录并上报不当干预行为，同时寻求法律和组织保护；领导也应自觉遵守规定，不干预司法活动。