在股东损害公司债权人利益责任纠纷案件中，股东系法人时，可以将自然人股东列为被告，但这一做法是有条件限制的。以下是对此问题的详细分析：

1. 法律依据与条件：

   • 根据《中华人民共和国公司法》第二十条，公司股东滥用公司法人独立地位和股东有限责任，逃避债务，严重损害公司债权人利益的，应当对公司债务承担连带责任。这是将股东（包括自然人股东）列为被告的法律依据。
   • 债权人要证明自然人股东滥用了公司法人独立地位和股东有限责任，且该滥用行为严重损害了债权人的利益。

2. 具体情形：

   • 若自然人股东通过操纵公司法人实体，进行欺诈、非法转移资产、逃避债务等行为，导致公司无法清偿债权人的债务，那么债权人可以将该自然人股东列为被告，要求其承担连带责任。
   • 在股东出资瑕疵的情况下，如自然人股东未履行或未全面履行出资义务，或抽逃出资，且这些行为影响了公司的偿债能力，债权人同样可以将其列为被告。

3. 诉讼注意事项：

   • 债权人在提起诉讼前，应收集充分的证据，以证明自然人股东存在滥用公司法人独立地位和股东有限责任的行为，以及这些行为对债权人造成的损害。
   • 诉讼过程中，应遵循法定的程序和期限要求，确保案件的合法性和有效性。

综上所述，股东系法人时，在特定条件下可以将自然人股东列为被告。债权人需根据具体法律情形和证据情况，谨慎决定是否采取此诉讼策略。如有进一步疑问或需要法律帮助，请直接向我咨询。