当公司注销后发现存在违法施工行为时，这是一个相对复杂且需要谨慎处理的问题。以下是根据相关法律法规和常见实践，为您提供的详细处理建议：
一、明确法律责任
首先，要明确的是，公司注销并不等同于法律责任的消失。即使公司已经注销，但若在注销前存在违法施工行为，相关责任人和主体仍需依法承担相应的民事责任、行政责任甚至刑事责任。
二、民事责任处理
清算程序合规性审查：
- 如果公司在注销前已经按照法定程序进行了清算，并且清偿了所有已知债务，那么注销后发现的违法施工行为所产生的民事责任，通常应由股东以其在公司剩余财产分配中所取得的财产为限来承担清偿责任。
- 如果清算过程中存在未依法履行通知和公告义务，导致债权人未能及时申报债权，那么清算义务人（如股东、董事等）需对债权人承担赔偿责任。
与债权人协商：
- 对于因违法施工行为产生的具体民事责任，建议与相关债权人进行积极沟通，协商解决方案，以减轻可能的法律后果。
三、行政责任处理
配合调查：
- 公司注销后，若行政机关对其存续期间的违法施工行为进行调查，相关责任人和主体应积极配合，提供必要的信息和资料。
接受处罚：
- 如果行政机关依法对公司及相关责任人作出行政处罚决定（如罚款、吊销许可证等），相关责任人和主体应依法接受处罚，并按时履行处罚决定。
四、刑事责任处理
配合司法机关调查：
- 如果违法施工行为构成犯罪，司法机关将依法追究相关责任人的刑事责任。此时，相关责任人和主体应积极配合司法机关的调查工作。
承担刑事责任：
- 如果经司法机关审理确认构成犯罪，相关责任人和主体将依法承担刑事责任，包括可能的刑罚和罚金等。
五、综合建议
加强合规管理：
- 为避免注销后发现违法施工行为所带来的法律风险，公司在运营期间应加强合规管理，确保所有施工活动都符合相关法律法规的要求。
及时整改和报告：
- 一旦发现违法施工行为，公司应立即采取措施进行整改，并主动向相关部门报告，以减轻可能的法律责任。
咨询专业律师：
- 在处理此类复杂法律问题时，建议咨询专业律师以获取更具体的法律意见和帮助。
总之，公司注销后发现违法施工行为是一个需要谨慎处理的问题。相关责任人和主体应积极配合调查、接受处罚，并加强合规管理以避免类似问题的再次发生。