当犯罪嫌疑人有未成年子女时，处理方式会综合考虑法律、人权以及家庭关系的维系。以下是对此问题的详细解答：

首先，在侦查等司法程序中，首要任务是确保未成年子女的权益不受侵害。为了避免对孩子造成心理或生活上的伤害，相关部门会安排合适的监护人，以保障孩子的生活有依靠，并尽量维持其稳定的生活环境。

其次，根据案件的具体情况和法律规定，可能会采取一些特殊的强制措施，如取保候审等。这些措施旨在使犯罪嫌疑人能够在一定程度上继续履行其家庭责任，特别是照顾未成年子女，从而维系家庭联系。取保候审的适用需要符合一定的条件，并由司法机关根据案件情况进行决定。

如果犯罪嫌疑人最终被判刑，法院在判决时会综合考虑家庭因素，特别是未成年子女的存在。法院可能会尽量确定一种服刑方式，以减少对孩子的影响和伤害。这可能包括选择适当的服刑地点、允许探视或通信等方式，以保持犯罪嫌疑人与孩子的联系。

此外，社会救助机构也会在这一过程中发挥重要作用。他们会为未成年子女提供必要的生活照料和心理辅导等帮助，以确保孩子在成长过程中得到足够的关爱和支持。这些帮助旨在缓解孩子因父母涉案而可能产生的心理压力和困境。

总的来说，当犯罪嫌疑人有未成年子女时，司法程序会在保障司法公正的同时，尽量兼顾家庭关系的维系和孩子的权益保护。通过安排合适监护人、采取特殊强制措施、综合考虑判刑方式以及引入社会救助机构等方式，力求在法律的框架内实现人性和关怀的平衡。