针对“如何处理有同案犯在逃的共同犯罪案件”这一问题，以下提供清晰、详细且有深度的解答：

首先，公安机关在面临有同案犯在逃的共同犯罪案件时，应组织力量，切实采取有力措施，积极追捕在逃的同案犯，以确保案件的全面查清和公正处理。

其次，对于在押的犯罪嫌疑人，若其犯罪事实已查清并有确实、充分的证据，应按照《刑事诉讼法》规定的诉讼程序进行处理。具体来说：

1. 起诉与定罪判刑：对犯罪事实清楚、证据确实充分的在押犯，应依法进行起诉和定罪判刑。即使同案犯在逃，也不影响对在押犯的正常法律程序。
2. 新罪行处理：若在逃跑的同案犯逮捕归案后，发现已处理的罪犯还有其他未判决的罪行，同样可按照《刑事诉讼法》的规定对新查明的罪行进行起诉和判决。

再者，对于因同案犯在逃而导致在押犯主要犯罪事实情节不清或缺乏证据的情况，应根据不同情况采取相应措施：

1. 延长羁押期限、监视居住、取保候审：若因同案犯在逃导致在押犯的主要犯罪事实情节不清，且缺乏足够证据，可根据案件实际情况，依法报请延长羁押期限、监视居住或取保候审，以便继续侦查并抓紧结案。
2. 先行释放：若在没有确实证据证明在押犯的犯罪事实，或已查明的情节显著轻微的情况下，应依法对在押犯进行先行释放。待同案犯追捕归案并查明犯罪事实后，再作进一步处理。

最后，值得注意的是，检察院直接受理侦查的共同犯罪案件，若同案犯罪嫌疑人在逃，也需遵循类似的处理原则。即在案犯罪嫌疑人犯罪事实清楚、证据确实充分的，应分别移送起诉或移送不起诉；若因同案犯在逃导致在案犯罪嫌疑人的犯罪事实无法查清，则应根据案件情况分别报请延长侦查羁押期限、变更强制措施或解除强制措施。

综上所述，处理有同案犯在逃的共同犯罪案件需综合考虑案件的具体情况和法律规定，确保既依法追究犯罪嫌疑人的刑事责任，又保障其合法权益不受侵犯。