首先，股东直接处罚员工并将罚款归自己所有是不合法的。在我国，企业对员工的罚款行为有严格的法律规定，且罚款通常应归企业所有，而不是股东个人。

1. 法律角度分析：

   • 根据《中华人民共和国劳动法》及《中华人民共和国劳动合同法》，企业可以对员工进行罚款，但这必须基于合法的规章制度，且罚款的数额、程序等需符合相关法律法规。
   • 股东作为企业的出资人，并不直接拥有对员工的处罚权。处罚权应由企业按照法定程序行使，且罚款应计入企业财务，用于企业运营或员工福利等，而非归股东个人所有。

2. 处理建议：

   • 如果你是员工，且遭遇了股东个人直接罚款并据为己有的情况，你可以首先与企业管理层沟通，要求纠正这一不合法行为。
   • 如果企业管理层不予理睬，你可以向当地劳动监察部门投诉，寻求法律帮助。
   • 在必要时，你还可以提起劳动仲裁或诉讼，维护自己的合法权益。

3. 预防措施：

   • 企业应建立健全的规章制度，明确罚款的标准、程序和用途，确保罚款行为的合法性。
   • 员工应了解自己的权益，对于不合法的罚款行为要敢于说“不”，并通过法律途径维护自己的权益。

综上所述，股东直接处罚员工并将罚款归自己所有是不合法的。如果你遇到了这种情况，应及时采取措施维护自己的合法权益。如果你还有其他法律问题或需要进一步的帮助，请直接向我咨询。