相对不起诉是人民检察院在审查案件后，认为犯罪嫌疑人犯罪情节轻微，依法不需要判处刑罚或免除刑罚时作出的不起诉决定。但相对不起诉并不适用于所有情况，以下是不适用相对不起诉的几种主要情形：
犯罪情节严重：如果犯罪嫌疑人的犯罪情节严重，社会危害性大，即使其有自首、立功等情节，也不适用相对不起诉。因为相对不起诉的前提是犯罪情节轻微，而严重犯罪情节显然不符合这一条件。
依法应当判处刑罚：对于依法应当判处刑罚的犯罪嫌疑人，即使其犯罪情节相对较轻，也不能适用相对不起诉。因为相对不起诉的适用条件之一是“依照刑法规定不需要判处刑罚或者可以免除刑罚”，而依法应当判处刑罚的犯罪嫌疑人显然不符合这一条件。
证据不足但存在合理怀疑：对于证据不足，但存在合理怀疑的案件，人民检察院应当作出存疑不起诉的决定，而不是相对不起诉。存疑不起诉是因为证据不足，无法证明犯罪嫌疑人构成犯罪，而相对不起诉则是因为犯罪情节轻微，不需要判处刑罚。
犯罪嫌疑人否认犯罪事实：如果犯罪嫌疑人否认犯罪事实，且人民检察院无法查证属实，那么也不能适用相对不起诉。因为相对不起诉的前提是犯罪嫌疑人的行为已经构成犯罪，只是情节轻微，不需要判处刑罚。如果犯罪嫌疑人否认犯罪事实，那么就无法确认其行为是否构成犯罪，也就无法适用相对不起诉。
综上所述，相对不起诉不适用于犯罪情节严重、依法应当判处刑罚、证据不足但存在合理怀疑以及犯罪嫌疑人否认犯罪事实等情形。在审查案件时，人民检察院会综合考虑犯罪嫌疑人的犯罪情节、社会危害性、悔罪表现等因素，来决定是否适用相对不起诉。