针对你提出的“已经发生的设计变更部队不认可怎么起诉”的问题，首先我们需要明确的是，这是一个涉及行政纠纷的问题，具体可能涉及到军事工程建设、国防工程或其他与部队相关的项目中的设计变更及其认可问题。以下是我基于专业知识和经验给出的详细解答：

一、核心结论

若设计变更部队不认可，且双方无法协商解决，你可以通过行政诉讼的方式寻求法律救济。在提起诉讼前，建议充分准备相关证据材料，并咨询专业律师以确保诉讼的顺利进行。

二、具体步骤与建议

1. 收集证据材料：

   • 设计变更的相关文件、图纸、报告等；
   • 与部队沟通的记录、往来函件等；
   • 设计变更对工程进度、成本等影响的证明材料；
   • 其他与案件相关的证据材料。

2. 明确诉讼主体：

   • 确认你的诉讼主体资格，即你是否有权提起诉讼；
   • 明确被告，即不认可设计变更的部队或相关单位。

3. 撰写起诉状：

   • 根据收集的证据材料，撰写详细的起诉状；
   • 起诉状中应明确诉讼请求、事实和理由、证据和证据来源等。

4. 提交诉讼材料：

   • 将起诉状及相关证据材料提交至有管辖权的人民法院；
   • 人民法院会对诉讼材料进行审查，并决定是否受理案件。

5. 参与诉讼过程：

   • 若案件受理，积极参与诉讼过程，包括庭审、质证等环节；
   • 根据案件情况，可能需要进行辩论、陈述等。

6. 执行判决或裁定：

   • 若人民法院作出判决或裁定，应依法执行；
   • 若对判决或裁定不服，可依法提起上诉或申请再审。

三、注意事项

1. 诉讼时效：注意行政诉讼的时效问题，确保在法定期限内提起诉讼。
2. 管辖法院：确认有管辖权的人民法院，避免向无管辖权的法院提起诉讼。
3. 法律适用：了解并熟悉相关法律、法规及司法解释，确保诉讼的合法性和有效性。

四、专业咨询

由于行政纠纷案件涉及的法律问题较为复杂，且可能涉及军事、国防等敏感领域，建议你在提起诉讼前咨询专业律师。作为专业律师，我可以为你提供详细的法律咨询和指导，帮助你更好地维护自己的合法权益。

综上所述，若设计变更部队不认可，你可以通过行政诉讼的方式寻求法律救济。在提起诉讼前，请务必充分准备相关证据材料，并咨询专业律师以确保诉讼的顺利进行。