抚养费独立协议确实可以进行公证。公证抚养费协议的主要目的在于提升抚养费支付的确定性与公信力，确保双方权益得到更有力的法律保障。

在进行公证时，需要明确抚养费的支付金额、支付方式（如按月支付、一次性支付等）以及支付期限等具体内容。公证机构会对双方的身份进行核实，并对协议的真实性进行审查，以确保协议的合法性和有效性。

一旦公证完成，如果一方未按照公证后的抚养费协议履行支付义务，另一方可以凭借公证书向法院申请强制执行，从而更有效地维护自己的权益。

需要注意的是，公证并非强制性的要求，双方也可以自行达成抚养费协议并按照协议执行。然而，经过公证的协议在法律上更具权威性，能够减少日后可能发生的纠纷和争议。

总的来说，是否选择公证抚养费协议，应根据双方的意愿和实际情况来决定。如果双方希望加强协议的法律效力，并确保抚养费的支付更加确定和可靠，那么进行公证是一个不错的选择。