商铺续签合同中小写写明年限且租户已签字，一般情况下是有效的。以下是对此结论的详细解释：

1. 合同的有效性：在合同法中，合同的有效性主要取决于合同当事人的真实意思表示以及合同内容的合法性，而并非完全取决于合同的形式或书写方式。因此，即使合同中的年限是以小写形式写明的，只要这是双方当事人的真实意思表示，且合同内容不违反法律法规的强制性规定，那么该合同就是有效的。

2. 租户的签字：租户的签字是合同成立和生效的重要标志。只要租户在合同上签字，就表明其认可了合同的内容，包括其中写明的年限。因此，租户的签字是对合同内容（包括小写年限）的确认和认可。

3. 可能的风险：虽然小写写明年限且租户已签字的合同在一般情况下是有效的，但为了避免可能的纠纷或误解，建议在签订合同时还是尽量规范书写，例如使用大写数字或同时标注大小写等。这样可以更加清晰地表达合同的内容，减少因书写方式而产生的争议。

综上所述，商铺续签合同中小写写明年限且租户已签字，在一般情况下是有效的。但为了确保合同的清晰性和准确性，建议在签订合同时还是尽量规范书写。如果你还有其他关于合同的问题或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。