建筑总面积超过施工许可的，应由县级以上地方人民政府城乡规划主管部门责令停止建设，并根据具体情况采取限期改正、罚款、限期拆除或没收实物等措施。以下是对此问题的详细分析：

一. 法律法规依据

1. 《中华人民共和国城乡规划法》第六十四条：未取得建设工程规划许可证或者未按照建设工程规划许可证的规定进行建设的，由县级以上地方人民政府城乡规划主管部门责令停止建设。尚可采取改正措施消除对规划实施的影响的，限期改正，处建设工程造价百分之五以上百分之十以下的罚款；无法采取改正措施消除影响的，限期拆除，不能拆除的，没收实物或者违法收入，可以并处建设工程造价百分之十以下的罚款。

二. 具体处理措施

1. 责令停止建设：一旦发现建筑总面积超过施工许可，首先应由城乡规划主管部门责令停止建设，以防止违法行为继续扩大。
2. 评估改正可能性：城乡规划主管部门会评估是否可以通过改正措施消除对规划实施的影响。如果可以，将限期改正，并可能处以建设工程造价百分之五以上百分之十以下的罚款。
3. 无法改正的处理：如果无法采取改正措施消除影响，城乡规划主管部门将限期拆除超出部分的建筑。若不能拆除，则可能没收实物或者违法收入，并可以并处建设工程造价百分之十以下的罚款。

三. 实际案例理解

• 例如，某开发商在建设过程中，未按照施工许可的规定进行建设，导致建筑总面积超标。城乡规划主管部门在发现后，立即责令停止建设，并评估了改正的可能性。由于超标部分无法通过改正消除对规划的影响，最终决定限期拆除超标部分，并对开发商处以了相应的罚款。

我建议，如果你面临建筑总面积超过施工许可的问题，应尽快与城乡规划主管部门联系，了解具体的处理措施和要求，以便尽快采取措施解决问题。如有进一步需要，您可以继续咨询我。