劳动合同上关于员工迟到、早退、旷工的处理方式，通常会依据用人单位的规章制度以及《中华人民共和国劳动合同法》的相关规定来执行。以下是对这一问题的详细解答：
一、用人单位规章制度的作用与要求
制定依据与程序：
- 用人单位可以根据自身的生产经营特点和管理需求，制定内部规章制度来规范员工的考勤行为。
- 这些规章制度必须通过民主程序制定，如职工代表大会或全体职工讨论，并与工会或职工代表协商，确保制度的合法性和对员工的约束力。
- 规章制度制定后，应向劳动者公示或告知，确保员工了解并遵守。
常见处理方式：
- 对于偶尔的迟到、早退，用人单位可能采取批评教育的方式，提醒员工遵守纪律。
- 规章制度中可以规定对迟到、早退员工进行经济处罚，如扣除一定工资，但扣除数额应合理，且不得违反法律规定（一般不得超过员工当月工资的20%，且扣除后剩余工资不得低于当地最低工资标准）。
- 对于频繁迟到、早退的员工，用人单位可以给予警告、记过、降职、撤职等纪律处分。
二、法律对处理迟到、早退、旷工行为的限制
合法性要求：
- 用人单位的处理措施必须符合法律规定，不能侵犯员工的合法权益。
- 不能以迟到、早退、旷工为由随意解除劳动合同，除非员工的行为达到了严重违反规章制度的程度。
合理性要求：
- 处理措施应与员工的迟到、早退、旷工情节相适应，遵循合理、公平、公正的原则。
- 避免过于严厉或不合理的处罚，确保员工的合法权益得到尊重和保护。
三、解除劳动合同的条件与程序
条件：
- 如果员工的迟到、早退、旷工行为严重违反了用人单位的规章制度，且经过多次警告或处罚后仍未改正，用人单位有权根据《中华人民共和国劳动合同法》第三十九条的规定，以严重违反规章制度为由解除劳动合同。
程序：
- 解除劳动合同应遵循法律规定的程序，包括提前通知员工、征求工会意见（如有）、支付经济补偿金（如适用，但通常因严重违反规章制度而解除的不需要支付）等。
四、员工的权益保障与操作建议
权益保障：
- 员工有权了解并认同规章制度的内容，有权对不合理的处罚提出异议。
- 用人单位在制定和执行相关规章制度时，应确保员工的合法权益不受侵犯。
操作建议：
- 对于初次迟到、早退的员工，给予口头警告，并记录在案。
- 对于多次迟到、早退的员工，书面警告，并根据规章制度扣除相应工资作为处罚，确保罚款数额合理且员工已知晓并同意相关规定。
- 对于屡教不改的员工，在符合法定条件下，依据《劳动法》解除劳动合同，并确保程序合法。
综上所述，劳动合同上关于员工迟到、早退、旷工的处理方式应遵循用人单位的规章制度和《中华人民共和国劳动合同法》的相关规定。用人单位在制定和执行相关规章制度时，应确保合法、合理、公平、公正，并充分保障员工的合法权益。