针对您提出的“淘宝商品一件由两家物流公司运输，贵司会处理是否合法”的问题，首先我需要明确的是，处理此类问题的合法性并非单纯由是否涉及两家物流公司运输来决定，而是需要依据具体的法律条款和事实情况来综合判断。以下是我从法律角度对此问题的全面分析：
合同关系的合法性：
- 在淘宝平台上，卖家与买家之间形成的是买卖合同关系，而卖家与物流公司之间则形成的是运输合同关系。如果卖家选择了两家物流公司来分段或共同运输同一件商品，并且这种安排没有违反法律禁止性规定，那么这种合同关系本身是合法的。
运输过程中的责任划分：
- 当一件商品由两家物流公司运输时，需要明确两家公司之间的责任划分。通常，这会在运输合同中有所约定。如果合同中没有明确约定，或者约定不明确，那么根据《民法典》的相关规定，两家物流公司可能会根据各自的过错程度来承担相应的责任。
处理纠纷的合法性：
- 如果在运输过程中发生了商品损坏、丢失等纠纷，买家或卖家有权要求物流公司承担相应的赔偿责任。此时，处理纠纷的合法性主要取决于纠纷处理的方式和程序是否符合法律规定。例如，如果通过协商、调解、仲裁或诉讼等合法途径来解决纠纷，那么这种处理就是合法的。
贵司是否会处理此类问题：
- 作为专业律师，我所在的律师事务所当然会处理此类侵权损害（包括互联网侵权）相关的法律问题。如果您或您的客户在淘宝购物过程中遇到了类似的物流纠纷，并且需要法律帮助，我们可以提供专业的法律咨询和代理服务。
综上所述，淘宝商品由两家物流公司运输本身并不违反法律规定，关键在于合同关系的合法性、运输过程中的责任划分以及纠纷处理的合法性。如果您遇到了相关问题，欢迎随时向我咨询，我会根据您的具体情况提供针对性的法律建议。