商业保函在一定条件下可以替换履约保证金，且此替换行为是合法的。具体分析如下：

一. 商业保函与履约保证金的关系

1. 履约保证金：根据《中华人民共和国招标投标法》第六十条，履约保证金是中标人为确保合同履行而提供的一种金钱担保，若中标人不履行合同，则履约保证金不予退还，并可能承担额外的赔偿责任。
2. 商业保函：商业保函通常是由银行或保险公司等第三方机构出具的，承诺在特定条件下承担经济赔偿责任的书面文件。其本质是一种信用担保，与履约保证金具有相似的担保功能。
3. 替换的合法性：在法律上，并未明确规定商业保函不能替换履约保证金。只要合同双方协商一致，并明确在合同中约定商业保函可以替换履约保证金，且该约定不违反法律法规的强制性规定，那么这种替换行为就是合法的。

二. 替换时的注意事项

1. 明确约定：在合同中应明确约定商业保函可以替换履约保证金，并详细规定替换的条件、程序及保函的具体内容。
2. 审查保函：招标人或合同另一方应仔细审查商业保函的内容，确保其真实、有效，并符合合同约定的担保要求。
3. 风险防控：虽然商业保函可以替换履约保证金，但招标人或合同另一方仍应关注履约风险，并采取必要的风险防控措施。

综上所述，商业保函在一定条件下可以合法地替换履约保证金。但替换时应确保合同中有明确约定，并仔细审查保函的真实性和有效性。如有进一步需要，您可以继续咨询我。