村主任盖公章不通过支村两委成员是不合法的。下面我将对此进行详细解释：

首先，根据《中华人民共和国村民委员会组织法》的相关规定，村民委员会是村民自我管理、自我教育、自我服务的基层群众性自治组织，其决策应当体现村民的意志。村主任作为村民委员会的法定代表人，虽然有权代表村庄集体进行某些决策和行动，但在涉及村庄集体财产或其他相关权益的事项时，应当遵循村民自治的原则，通过村民大会或村民代表会议进行集体讨论和决策。

其次，支村两委成员（即村党支部委员会和村民委员会的成员）在村庄治理中发挥着重要作用，他们参与村庄事务的决策和管理，是村民意志的代表。因此，村主任在盖公章时，应当尊重支村两委成员的意见，遵循集体决策的程序。

如果村主任未经支村两委成员的同意或授权，私自盖公章，那么这种行为将违反村民自治的原则，也可能损害村庄集体的利益。在这种情况下，所盖公章的行为可能被视为无效，甚至可能引发法律纠纷。

综上所述，村主任盖公章不通过支村两委成员是不合法的。正确的做法应该是遵循村民自治的原则，通过村民大会或村民代表会议进行集体讨论和决策，并确保支村两委成员的参与和同意。如果你在这方面遇到了问题或纠纷，可以直接向我咨询，我会为你提供专业的法律帮助和建议。