骨干医师培训回来以后辞职是否要走司法程序，取决于多个因素。以下是对此问题的详细分析：
一. 辞职的法律程序
提前通知义务
- 根据《中华人民共和国劳动合同法》第三十七条，劳动者提前三十日以书面形式通知用人单位，可以解除劳动合同。对于骨干医师而言，如果决定辞职，同样需要提前三十日以书面形式通知医院。
合法解除劳动合同
- 如果医院存在《中华人民共和国劳动合同法》第三十八条所列的情形（如未按照劳动合同约定提供劳动保护、未及时足额支付劳动报酬等），骨干医师可以解除劳动合同，甚至在某些严重情况下，如医院以暴力、威胁或者非法限制人身自由的手段强迫劳动，可以立即解除劳动合同，不需事先告知医院。
二. 培训与服务期约定
服务期与违约金
- 如果医院为骨干医师提供了专项培训费用，并进行了专业技术培训，双方可以约定服务期。根据《中华人民共和国劳动合同法》第二十二条，如果骨干医师在服务期内提出辞职，可能需要按照约定向医院支付违约金。但违约金的数额不得超过医院提供的培训费用，且不得超过服务期尚未履行部分所应分摊的培训费用。
规培期间的费用认定
- 在某些案例中，医院在规培期间为医师支出的工资、福利待遇、社保费用等被认定为培训费用。这意味着，如果骨干医师在服务期内辞职，可能需要根据这些实际支出支付违约金。
三. 司法程序的选择
协商解决
- 在多数情况下，辞职问题可以通过与医院协商解决，而无需诉诸司法程序。双方可以就解除劳动合同、工作交接、违约金等问题进行谈判，并达成书面协议。
司法程序
- 如果双方无法就辞职问题达成一致，或者医院拒绝接受骨干医师的辞职申请，骨干医师可能需要通过司法程序解决争议。这可能包括向劳动争议仲裁委员会申请仲裁，或者向人民法院提起诉讼。
我的建议：
- 提前沟通：在决定辞职前，骨干医师应与医院人事部门或相关负责人进行沟通，了解医院的立场和要求。
- 书面申请：确保以书面形式提交辞职申请，并注明辞职原因和最后工作日。
- 协商解决：尝试与医院协商解决辞职问题，包括工作交接、违约金等事项。
- 法律咨询：如果双方无法就辞职问题达成一致，或者医院提出不合理的要求，骨干医师应寻求专业法律意见，了解自己的权利和义务。
如有进一步需要，您可以继续咨询我。