关于代理机构串通投标的处罚标准，这主要涉及到《工程建设项目施工招标投标办法》以及《中华人民共和国政府采购法》的相关规定。以下是对此问题的详细解答：
一、依据《工程建设项目施工招标投标办法》
轻微违法行为：
- 情形：市政工程属于小型工程，或其他涉案工程面积在一定规模以下（如10000平方米以下）。
- 处罚：处五万元以上十万元以下的罚款，对单位直接负责的主管人员和其他直接责任人员处单位罚款数额百分之五以上百分之六以下的罚款；有违法所得的，并处没收违法所得。
一般违法行为：
- 情形：市政工程属于中型工程，或其他涉案工程面积在较大规模（如10000平方米以上50000平方米以下）。
- 处罚：处十万元以上二十万元以下的罚款，对单位直接负责的主管人员和其他直接责任人员处单位罚款数额百分之六以上百分之八以下的罚款；有违法所得的，并处没收违法所得。
严重违法行为：
- 情形：市政工程属于大型工程，或其他涉案工程面积在更大规模（如50000平方米以上），或造成严重危害后果。
- 处罚：处二十万元以上二十五万元以下的罚款，对单位直接负责的主管人员和其他直接责任人员处单位罚款数额百分之八以上百分之十以下的罚款；有违法所得的，并处没收违法所得；情节严重的，还可停止其一定时期内参与相关领域的招标代理业务，甚至暂停直至取消招标代理资格。
二、依据《中华人民共和国政府采购法》
对于供应商与采购人、其他供应商或者采购代理机构恶意串通的，将处以采购金额千分之五以上千分之十以下的罚款，并列入不良行为记录名单，在一至三年内禁止参加政府采购活动。有违法所得的，还将并处没收违法所得。情节严重的，甚至可能由工商行政管理机关吊销营业执照，并依法追究刑事责任。
综上所述，代理机构串通投标的处罚标准是根据违法行为的严重程度来确定的，包括罚款金额、对责任人员的处罚、没收违法所得以及可能的业务限制或资格取消等。同时，这些行为还可能构成犯罪，需要依法追究刑事责任。因此，建议代理机构严格遵守相关法律法规，确保招标投标活动的公平、公正和透明。