协商还款后仍被扣款的原因多样，涉及系统更新、信息传递、协议内容等多方面因素。以下是对此问题的详细分析：
一. 系统或操作层面的原因
系统更新滞后：
- 银行或贷款机构的系统可能存在延迟，导致协商后的还款计划未能及时更新，因此仍然按照原计划进行自动扣款。
信息传递失误：
- 在协商还款的过程中，银行或贷款机构的工作人员可能未能准确地将协商结果传递到相关系统，或者系统内部的信息传递出现了错误。
自动扣款设置未更改：
- 借款人在协商还款后可能忘记更改自动扣款的相关设置，导致银行或贷款机构依然依照原计划自动扣款。
二. 协议内容或执行层面的原因
协议内容模糊：
- 协商还款协议中关于还款金额、时间、方式等关键信息描述模糊不清，导致双方理解存在偏差，进而引发扣款问题。
协议未签署或未盖章：
- 口头协商达成的协议缺乏法律效力，如果双方没有签署书面协议或协议未盖章，那么在执行过程中可能会出现争议。
协议条款未明确：
- 即便有书面协议，如果协议中未明确规定扣款的具体日期、扣款账户等，也可能为后续纠纷埋下隐患。
三. 法律与合规层面的原因
未经授权扣款：
- 根据《中华人民共和国民法典》等相关法律法规，任何机构未经借款人授权私自扣款都是违法的。如果发生此类情况，借款人可以依法维权。
债务转让或催收公司违规操作：
- 在债权转让后，新的债权人或催收公司可能不了解之前的协商结果，继续进行扣款。催收公司也可能存在违规催收行为，如恶意骚扰、恐吓等。
四. 解决建议
及时与银行沟通：
- 发现被扣款后，第一时间与银行取得联系，明确告知银行协商还款的结果，并要求银行暂停自动扣款。
提供证明材料：
- 如果银行继续扣款，借款人可提供与银行协商还款的书面协议、还款账户的流水记录等证明材料，要求银行退款。
修改还款账户信息：
- 借款人可以修改还款账户信息，撤消原还款账户的自动扣款功能，避免银行继续自动扣款。
寻求法律援助：
- 如果与银行沟通无果，借款人可以寻求律师的帮助，通过法律途径维护自身权益。
我的观点是，协商还款后仍被扣款是一个复杂的问题，涉及多个层面的原因。作为借款人，应充分了解协商还款方案，明确沟通所有可能的扣款项目及金额，并保留所有相关文件。如遇到此类问题，应积极与银行沟通并寻求解决方案。如有进一步需要，您可以继续咨询我。