当两车相撞且双方各自损失3000元时，赔偿的处理方式主要依据双方车辆的保险情况以及责任认定。在双方同等责任的情况下，赔偿流程如下：

首先，交强险部分会先行赔付。交强险有责任限额，其中财产损失赔偿限额为2000元。因此，对于每辆车的损失，交强险会先赔付2000元。由于双方损失均为3000元，所以交强险赔付后，每辆车还剩下1000元的损失未得到赔偿。

接下来，这剩余的1000元损失会根据双方的责任比例，由商业车险中的第三者责任险进行赔偿。因为双方是同等责任，所以这1000元会由各自的第三者责任险承担50%，即各自承担500元。

如果双方的损失超过了各自保险的赔偿范围，超出的部分则需要由双方按照同等责任的比例来承担。但在您提供的情况中，双方的损失均未超过保险的赔偿范围，所以不需要额外承担费用。

具体到操作上，双方需要先向各自的保险公司报案，并配合保险公司进行查勘定损。保险公司会根据实际损失及责任比例来计算赔偿金额。理赔所需的资料一般包括事故认定书、行驶证、驾驶证、维修发票等。

如果事故中涉及人员伤亡或复杂情况，可能需要较长时间进行调查和协商。如果协商不成，可以通过诉讼来解决。但在您提供的情况中，仅涉及财产损失，且双方责任明确，所以应该能够比较顺利地完成理赔流程。

总的来说，当两车相撞且双方各自损失3000元时，在双方同等责任的情况下，交强险会先赔付2000元，剩余的1000元由各自的第三者责任险承担50%。双方需要配合保险公司进行理赔流程，并提供必要的理赔资料。