关于“供水特许经营权转让是否可以收保证金”的问题，我们可以从您提供的“旬邑县农村供水特许经营权转让项目交易公告”中找到相关依据。

根据公告中的“第三条交易保证金交纳”部分，明确指出了竞买人在报名资格审查通过后，需要按照系统显示的银行账户及金额，在公告要求的时间内足额交纳交易保证金。这一条款直接说明了在供水特许经营权转让项目中，是可以收取保证金的。

保证金在此类交易中通常起到几个作用：一是确保竞买人的诚意和资质，通过交纳保证金筛选出真正有意向并具备一定实力的买家；二是作为交易过程中的一种保障，确保交易双方能够按照约定履行各自的义务，降低交易风险；三是在竞买人违约时，作为对转让方的一种补偿。

因此，可以明确回答，供水特许经营权转让是可以收保证金的，并且这一做法在实践中也是普遍存在的。当然，具体的保证金金额、交纳方式以及退还条件等，都需要根据具体的交易公告和相关规定来确定。