针对您提出的问题“法院查封的房产在本案有抵押，但房产价值不足以偿还该抵押金额，法院能否冻结”，首先明确结论：法院可以冻结该房产，并且即使房产价值不足以偿还抵押金额，法院仍有权采取其他执行措施。以下是对此结论的详细解释：

1. 房产查封与冻结：

   • 法院在案件审理或执行过程中，为了保障债权人的权益，有权对涉案财产进行查封或冻结。
   • 查封是法院对财产采取的一种限制性措施，旨在防止财产被转移、隐匿或毁损。
   • 冻结则是对财产的使用权或处分权进行暂时性的限制。

2. 抵押房产的处理：

   • 房产设定抵押后，若债务人未能按时履行债务，抵押权人有权依法处分抵押房产以优先受偿。
   • 在房产价值不足以偿还抵押金额的情况下，抵押权人仍可通过法律程序追索剩余的债权。

3. 法院的执行权限：

   • 法院在执行过程中，若发现被执行人的财产不足以清偿全部债务，有权采取多种执行措施，包括但不限于冻结银行账户、查封其他财产等。
   • 即使房产价值不足以偿还抵押金额，法院也有权根据案件的具体情况，决定是否需要采取进一步的执行措施。

4. 实际执行中的考虑因素：

   • 法院在执行时会综合考虑案件的具体情况，包括债务人的还款能力、其他财产状况以及债权人的权益保护等。
   • 若房产价值确实不足以偿还抵押金额，法院可能会与债权人协商，看是否可以通过其他方式解决剩余的债权问题。

综上所述，法院在案件涉及抵押房产且房产价值不足以偿还抵押金额的情况下，仍有权采取冻结等执行措施。若您面临此类问题，建议尽快咨询专业律师，以便更好地了解您的权益和可能的法律后果。