证券监管机构核查证券公司员工微信和支付宝的合法性，这一行为本身并不直接涉及是否合法的问题，而是取决于核查的具体目的、方式以及是否遵循了相关法律法规和程序。下面我将从几个角度进行详细分析：

1. 核查目的与合法性：

   • 证券监管机构作为金融监管机构，有权对证券公司的业务活动进行监督和检查，以确保市场的公平、公正和透明。如果核查微信和支付宝是为了调查潜在的违法违规行为，如内幕交易、操纵市场等，且这一行为是基于法律法规的授权和正当程序进行的，那么这样的核查是合法的。

2. 核查方式与隐私保护：

   • 在核查过程中，证券监管机构必须遵守相关法律法规，尊重并保护个人隐私权。如果核查涉及对个人微信和支付宝账户信息的获取，应确保这一行为符合《个人信息保护法》等相关法律法规的要求，如事先获得授权、明确告知核查目的、范围等。
   • 若核查方式不当，如未经授权擅自获取个人信息，或泄露了核查中获取的个人信息，那么这样的核查行为可能构成违法。

3. 证券公司员工的配合义务：

   • 作为证券公司员工，有义务配合监管机构的合法核查。如果监管机构依法要求提供微信和支付宝账户信息，员工应当配合提供，但同时也有权要求监管机构出示合法的核查依据和程序。

4. 可能的法律后果：

   • 如果证券监管机构发现证券公司员工存在违法违规行为，如利用微信和支付宝进行内幕交易等，将依法追究其法律责任。
   • 如果核查行为本身存在违法违规之处，如未经授权擅自获取个人信息，那么监管机构也可能面临法律责任。

综上所述，证券监管机构核查证券公司员工微信和支付宝的合法性取决于核查的具体目的、方式以及是否遵循了相关法律法规和程序。作为证券公司员工，应当配合监管机构的合法核查，但同时也有权维护自己的合法权益。如果有任何疑问或担忧，建议及时咨询专业律师或法律机构。