工程款纠纷处理是一个复杂而细致的过程，涉及多个环节和部门。以下为您详细阐述工程款纠纷的处理流程：
一、初步协商与调解
双方协商：
- 当发生工程款纠纷时，首先建议双方通过友好协商的方式解决。双方应依据合同条款，结合实际情况，坦诚沟通，尝试达成一致意见。
申请调解：
- 如果协商无果，可以向相关部门或机构申请调解。例如，可以向市清欠办（若存在此类机构）提交书面或口头调解申请。申请书应包含申请人的基本情况、调解请求、主要事实和理由等。
- 调解过程中，当事人应积极配合，提供必要的证据材料，如劳务合同、工资发放表、结算单等，以便调解机构能够更好地了解纠纷情况，作出公正调解。
二、行政介入与协调
行政审查：
- 调解机构收到申请后，会对申请进行初步审查，判断是否符合受理范围。如果符合，将发协办函给纠纷各方单位核实情况。
行政协调：
- 在核实情况后，调解机构会组织双方进行协调，澄清事实，明确责任，尝试达成调解协议。必要时，可召开专题协调工作会议，邀请相关部门和专家参与。
调解结果：
- 如果调解成功，调解机构将制作行政调解协议书，双方签字后生效，对当事人具有约束力。
- 如果调解失败，调解机构将拟定会议纪要，并引导当事人通过其他法律途径解决争议，如复议、诉讼、仲裁等。
三、法律途径解决
申请仲裁：
- 如果双方签订了有效仲裁条款，应按照仲裁条款的约定申请仲裁。例如，可以向南宁仲裁委员会建设仲裁中心（若存在）申请仲裁。
提起诉讼：
- 如果没有仲裁条款或仲裁不成，当事人可以向有管辖权的人民法院提起诉讼。根据相关法律法规，建设工程施工合同纠纷中的债权人须于债务履行期限届满之日起三年内起诉。
行政复议与行政诉讼：
- 如果当事人认为行政机关的行政行为侵犯了其合法权益，可以依法申请行政复议或提起行政诉讼。
四、恶意行为的处理
对于恶意讨薪、恶意欠薪等行为，相关部门将依法进行严肃处理，以维护市场秩序和社会稳定。
五、注意事项
- 证据收集：在整个处理过程中，当事人应特别注意收集并保存相关证据材料，以便在需要时提供证明。
- 时效问题：要注意各种法律途径的时效要求，避免错过维权时机。
- 专业咨询：在处理复杂或涉及较大金额的纠纷时，建议寻求专业律师或法律顾问的帮助，以获得更专业的法律支持和指导。
综上所述，工程款纠纷处理流程包括初步协商与调解、行政介入与协调、法律途径解决以及恶意行为的处理等环节。在处理过程中，当事人应积极配合相关部门和机构的工作，依法维护自己的合法权益。