拖欠工程款纠纷的案由主要围绕建设工程施工合同纠纷展开，涵盖违约纠纷、合同效力问题以及实际施工人权益保护等多个方面。具体来说：

一、拖欠工程款纠纷的核心案由

1. 建设工程施工合同纠纷：这是最常见的案由。当发包方与承包方签订建设工程施工合同后，若承包方按约完成工程施工任务而发包方未支付工程价款，即构成合同违约，由此引发纠纷。

二、具体纠纷类型及法律分析

1. 工程量之争：

   • 纠纷源于合同生效后增加的工程量及隐蔽工程数据未做三方签字记录。处理此类纠纷时，应强调合同变更的正式性和证据的重要性，建议双方在施工过程中及时确认并记录工程量变化。

2. 计费系数之争：

   • 因承包方资质变更、挂靠或合作单位组成等原因导致计费系数成为争议焦点。处理时，需根据合同约定及实际情况，合理确定计费系数，并确保其符合相关法律法规规定。

3. 大型机械租赁费用之争：

   • 争议在于承包方为赶工期租赁的大型机械设备租金是否在合同款外另行计费。应明确合同条款中关于机械租赁费用的约定，避免模糊不清导致纠纷。

4. 竣工决算时间之争：

   • 发包方可能利用“竣工”概念的复杂性拖延接收决算报告，从而拖延支付工程款。应明确竣工决算的时间和程序，确保双方按时履行义务。

5. 违约之争：

   • 包括逾期竣工、未提供施工条件、擅改设计等多种违约情形。应根据合同约定及实际违约情况，合理确定违约金数额，并追究违约方的责任。

6. 建筑材料品质之争：

   • 因市场变动或承包方采用合同外建材导致的纠纷。应严格遵循合同约定的材料标准和质量要求，确保工程质量不受影响。

7. 总包与分包之争：

   • 总承包单位与分包单位在工程款结算及管理费分配上产生的争议。应明确总分包关系及各自的责任和义务，确保工程款和管理费的合理分配。

8. 实际施工人主张工程款纠纷：

   • 在存在非法转包、违法分包等情形时，实际施工人有权向发包方主张权利。发包方应在欠付工程价款范围内对实际施工人承担责任。

三、处理建议

在处理拖欠工程欠款纠纷时，建议双方首先通过友好协商解决问题。若协商无果，承包方可选择向工程所在地或被告所在地人民法院提起诉讼，要求发包方支付拖欠的工程款及相应的违约金或利息等。同时，应充分准备相关证据材料，确保诉讼请求的合法性和合理性。

总之，拖欠工程款纠纷涉及多个方面，需要综合考虑合同内容、实际履行情况以及法律法规的规定来妥善处理。