两家合作单位在一般情况下不能同时一起投标同一个项目，除非满足特定条件。具体分析如下：
一. 法律依据与一般原则
《中华人民共和国招标投标法实施条例》第三十四条明确规定，单位负责人为同一人或者存在控股、管理关系的不同单位，不得参加同一标段投标或者未划分标段的同一招标项目投标。这一规定旨在确保招标的公正性和市场的公平竞争，防止因关联关系导致的利益冲突和不正当竞争。
在此原则下，如果两家单位存在合作或关联关系，如共同控股、管理或存在其他形式的利害关系，那么它们通常不得同时投标同一项目，以避免潜在的利益冲突和不公平竞争。
二. 特殊情况与例外
尽管存在上述一般原则，但在某些特殊情况下，两家合作单位可能被允许同时投标：
招标文件的特殊规定：如果招标文件中有明确条款允许存在某种关联关系的单位同时投标，并规定了相应的审查和监督机制，那么在这种情况下，两家合作单位可以同时投标。这通常需要在招标文件中进行明确说明，并经过相关监管部门的批准。
独立运营与无利害关系：如果两家合作单位在业务上完全独立，不存在控股、管理或其他形式的利害关系，且能够证明它们之间的合作不会影响招标的公正性，那么在某些情况下，它们可能被允许同时投标。但这通常需要经过严格的审查和批准，并确保不存在任何利益冲突。
三. 注意事项与建议
仔细审查招标文件：在参与投标前，两家合作单位应仔细审查招标文件，了解其中关于关联单位投标的具体规定和要求。
主动披露关联关系：如果存在任何形式的关联关系，两家单位应主动向招标人进行披露，并说明它们之间的合作方式和内容，以避免潜在的违规风险。
确保无利益冲突：在投标过程中，两家合作单位应确保不存在任何利益冲突，避免利用关联关系谋取不正当利益，损害招标人或其他投标人的合法权益。
咨询相关部门：在特殊情况下，如果两家合作单位希望同时投标同一项目，建议提前咨询相关监管部门或法律专业人士，了解具体的法律要求和审批流程。
综上所述，两家合作单位在一般情况下不能同时一起投标同一个项目，除非满足特定条件并经过严格的审查和批准。在参与投标前，建议仔细审查招标文件、主动披露关联关系、确保无利益冲突，并咨询相关部门或法律专业人士的意见。