医院或其工作人员不符合医院规章制度，应由卫生健康行政部门依法进行处理，可能面临警告、罚款、责令改正等行政处罚。具体分析如下：

一. 处理主体及依据

• 根据《中华人民共和国基本医疗卫生与健康促进法》及相关法律法规，卫生健康行政部门负责对医疗卫生机构及其医务人员的执业活动进行监督管理。若医院或其工作人员违反医院规章制度，未遵守医疗卫生法律、法规、规章和诊疗相关规范，卫生健康行政部门将依法进行处理。

二. 可能的处理措施

1. 警告：对于轻微违规行为，卫生健康行政部门可能给予警告处罚，以提醒医院及其工作人员遵守相关规定。
2. 罚款：若违规行为较为严重，如本案中某医院因多项违规行为被罚款46000元，罚款金额将根据违法行为的性质和情节而定。
3. 责令改正：卫生健康行政部门会责令医院立即改正存在的违法行为，以确保医疗质量和安全。
4. 其他处罚：在严重情况下，还可能面临吊销执业许可证、暂停执业活动等更严厉的处罚。

三. 实际案例

• 以本案为例，某医院因未遵守医疗卫生法律、法规、规章和诊疗相关规范，医疗质量管理安全措施不健全等行为，被某市卫生健康委依法给予警告并罚款46000元的行政处罚，同时责令其立即改正存在的违法行为。

我建议，医院及其工作人员应严格遵守医院规章制度和医疗卫生法律、法规，确保医疗质量和安全。如有进一步需要，您可以继续咨询我。