事实上的建设工程施工法律关系中存在约定的工期违约金时，应依据合同约定及相关法律法规处理。
一. 分析约定的工期违约金
- 合同约定的效力：在建设工程施工合同中，如果双方明确约定了工期违约金，该约定通常具有法律效力。根据《民法典》第四百六十五条：“依法成立的合同，受法律保护。依法成立的合同，仅对当事人具有法律约束力，但是法律另有规定的除外。”因此，工期违约金的约定应作为处理违约情形的依据。
- 违约金的性质：工期违约金是对违约方未按时完工的一种经济制裁，旨在弥补守约方因工期延误而遭受的损失，并督促违约方按时履行合同义务。
二. 处理工期违约金的法律依据
- 《民法典》的相关规定：根据《民法典》第五百八十五条：“当事人可以约定一方违约时应当根据违约情况向对方支付一定数额的违约金，也可以约定因违约产生的损失赔偿额的计算方法。约定的违约金低于造成的损失的，人民法院或者仲裁机构可以根据当事人的请求予以增加；约定的违约金过分高于造成的损失的，人民法院或者仲裁机构可以根据当事人的请求予以适当减少。”
- 实际损失的考量：在处理工期违约金时，法院或仲裁机构会综合考虑实际损失情况。如果约定的违约金过高，远超实际损失，可能会被视为“过分高于造成的损失”，从而被适当减少。
三. 结论与建议
在事实上的建设工程施工法律关系中，如果双方约定了工期违约金，且该约定不违反法律法规的强制性规定，应作为处理违约情形的依据。我建议：
- 首先，双方应严格按照合同约定履行义务，避免工期延误等违约情形的发生。
- 其次，如果发生工期延误，违约方应主动与守约方沟通，协商解决方案，并依据合同约定承担相应的违约责任。
- 最后，如果双方对工期违约金的支付存在争议，可以寻求法院或仲裁机构的裁决，以确保合法权益得到维护。
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