业委会在特别授权下可以与物业在法院达成调解协议。

首先，我们要明确几个关键点：

1. 特别授权：这意味着业委会得到了业主的明确授权，可以代表业主进行某些法律行为，包括但不限于与物业进行协商、调解、诉讼等。
2. 追讨维修资金：这是业委会代表业主进行的具体法律行为，目的是从物业那里追回应当用于小区维修的资金。
3. 法院调解：在诉讼过程中，法院为了化解纠纷，会组织双方当事人进行调解，如果双方能够达成一致，法院会出具调解书，该调解书具有法律效力。

现在，我们根据这些关键点进行深度分析：

1. 业委会的权限：由于业委会得到了业主的特别授权，因此它有权利代表业主与物业进行协商、调解等法律行为。这意味着，在法院的主持下，业委会完全有权与物业进行调解，以达成双方都能接受的解决方案。
2. 调解的合法性：法院调解是诉讼过程中的一种正式程序，它受到法律的保护和认可。只要调解过程合法，调解结果不违反法律法规，那么调解书就具有法律效力，对双方当事人都有约束力。
3. 调解与业主利益：业委会在调解过程中，必须始终牢记自己的职责是代表业主的利益。因此，在调解时，业委会应当确保调解方案能够最大程度地维护业主的合法权益，特别是关于维修资金的追讨问题。

综上所述，业委会在得到业主的特别授权后，完全有权在法院与物业进行调解，以追讨维修资金。当然，调解过程中必须确保合法合规，且调解结果应当符合业主的利益。如果调解成功，法院会出具具有法律效力的调解书，从而解决双方的纠纷。