针对行政许可申请人不按规定时间补正材料的情况，行政机关应遵循一系列法定程序来处理，以确保行政许可工作的规范性、高效性，并保障申请人的合法权益。以下是对这一问题的详细解答：
一、补正通知与期限
补正通知的发出：
- 当行政许可申请人提交的材料不齐全或不符合法定形式时，行政机关需当场或在五日内一次性告知申请人需要补正的全部内容。
- 补正通知应明确、具体，指出缺失或不符合规定的部分，并给出补正的具体要求。
补正期限的设定：
- 行政机关在发出补正通知时，应明确补正的具体期限，要求申请人在规定时间内提交补正后的材料。
二、逾期未补正的处理
视为未申请：
- 若申请人在规定的补正期限内未提交补正材料，行政机关可视为申请人未申请该项行政许可。
- 在此情况下，行政机关应作出不予受理的决定，并书面通知申请人。
特定情况下的再次补正机会：
- 在某些特定情况下，如行政机关认为仍有必要受理申请，或申请人因合理原因未能及时补正，行政机关可给予申请人再次补正的机会。
- 再次补正时，行政机关应明确告知申请人逾期未补正的法律后果。
三、补正后仍不符合规定的处理
不予行政许可：
- 若申请人补正后的材料仍不符合规定，行政机关可依法作出不予行政许可的决定。
- 不予行政许可的决定应书面告知申请人，并说明不予许可的理由和依据。
告知申诉权利：
- 在作出不予行政许可的决定时，行政机关应同时告知申请人享有依法申请行政复议或提起行政诉讼的权利。
四、法律依据与程序保障
- 根据《中华人民共和国行政许可法》第三十二条的规定，行政机关在处理行政许可申请时，必须遵循法定程序，包括当场更正、一次性告知补正、对逾期未补正的处理以及最终决定等步骤。
- 行政机关应确保申请人的知情权、补正权以及后续的申诉权利得到充分保障。
五、实际案例的启示
- 通过实际案例（如A房地产开发有限公司的案例），我们可以看到，行政机关在审核行政许可事项时，必须严格遵循法定程序，否则可能会因程序违法而导致行政许可决定被撤销或重做。
- 这也强调了行政机关在办理行政许可时，应秉持公平、透明、公正、合法的原则，确保市场经营者依法依规享有和行使实体权利和程序权利。
综上所述，行政许可申请人不按规定时间补正材料时，行政机关应依法进行处理，确保行政许可工作的规范性和高效性，同时保障申请人的合法权益。