农村自建房三层以下（含三层）的质量标准认定，主要依据相关法律法规及政策文件，并参照当地具体的建筑规范和执行标准。
一. 农村自建房三层以下的质量标准
建筑法规定：根据《中华人民共和国建筑法》及相关司法解释，农民自建低层住宅（通常指两层及以下）的建筑活动不适用该法，但三层及以上的住宅则需要由有资质的单位进行建设。因此，三层以下的自建房虽然不需要严格遵循《建筑法》的全部规定，但仍应确保工程质量符合基本的安全和使用要求。
地方标准和规范：由于农村自建房的特殊性，各地可能会根据本地实际情况制定具体的建筑标准和规范。这些标准和规范通常会对房屋的结构安全、施工质量、材料使用等方面提出明确要求。因此，在认定三层以下自建房的质量标准时，应参照当地的相关规定。
合同约定：在农村自建房的建造过程中，建房者与施工方通常会签订施工合同。合同中应明确工程的质量标准、验收方式等关键条款。因此，在认定房屋质量时，也应考虑合同中的相关约定。
二. 质量标准认定的实践应用
案例参考：在实际操作中，若三层以下的自建房出现质量问题（如墙体裂缝、屋顶漏水等），首先应根据合同中的约定进行责任划分和赔偿处理。若合同未明确约定或约定不明确，则可参照当地的建筑标准和规范进行认定。若问题严重，涉及结构安全等关键问题，可能还需要邀请专业机构进行鉴定和评估。
建议措施：为了避免质量纠纷，建议在建房前充分了解当地的建筑标准和规范，并在施工合同中明确工程的质量标准和验收方式。同时，在施工过程中，建房者也应加强监督和管理，确保施工质量符合约定标准。
我建议，在农村自建房三层以下的质量标准认定过程中，应综合考虑法律法规、地方标准、合同约定以及实践应用等多个方面。如有进一步需要，您可以继续咨询我。