招标代理费能否由中标人支付，这个问题在实务中确实存在争议，但根据相关法律法规和实际操作规范，我们可以得出以下结论：

一、招标代理费支付的原则

1. “谁委托谁付费”原则：

   • 根据原国家计委发布的《招标代理服务收费管理暂行办法》（计价格〔2002〕1980号）以及后续的国家发展改革委办公厅发布的《关于招标代理服务收费有关问题的通知》（发改办价格〔2003〕857号），招标代理服务费用原则上应由招标人支付。
   • 但上述通知也允许招标人、招标代理机构与投标人另有约定时，从其约定。

2. 合同自由原则：

   • 在招标过程中，如果招标人与招标代理机构在合同中明确约定招标代理费由中标人支付，并且这一约定不违反法律、行政法规的强制性规定，那么该约定是有效的。

二、由中标人支付招标代理费的实务操作

• 在实际操作中，如果招标文件规定招标代理费由中标人支付，并作为实质性条款要求投标人在投标报价时充分考虑，那么中标人在中标后就需要按照约定支付招标代理费。
• 这种支付方式通常是通过招标人与招标代理机构签订委托合同，并在合同中明确约定招标代理费由中标人支付及具体的收费标准来实现的。

三、由中标人支付招标代理费的法律依据

• 根据《民法典》第五百二十三条关于由第三人履行的合同的规定，招标人与招标代理机构约定招标代理费由中标人支付，属于“由第三人履行的合同”，不违反法律行政法规的强制规定，约定受法律保护。

四、由中标人支付招标代理费的弊端与建议

• 尽管由中标人支付招标代理费在法律上是允许的，但这种支付方式也存在一些弊端，如可能未实现政府预期的市场调节价机制、对招标人来说存在廉政风险、招标人和招标代理机构将自身意志强加于潜在投标人等。
• 针对这些弊端，建议招标代理费施行“谁委托谁付费”制度，特别是国有投资项目应明确约定招标代理费计算方法，以减轻中标人的负担并优化营商环境。

综上所述，招标代理费能否由中标人支付取决于招标人与招标代理机构之间的合同约定，并且这一约定应不违反法律、行政法规的强制性规定。在实务操作中，如果双方有明确的约定并且该约定合法有效，那么中标人就需要按照约定支付招标代理费。但考虑到由中标人支付招标代理费可能存在的弊端，建议相关部门出台相应制度进行规范和引导。