医师辞职后备案无效，不影响其中级职称的年限计算。具体分析如下：
一. 备案无效与职称年限的关系
- 备案的性质：备案通常是对某一事项或状态的记录或确认，而医师的职称年限是依据其实际工作经历和资格来计算的。
- 职称年限的计算依据：根据相关规定，医师的职称年限是依据其从事相应专业技术工作的实际年数来计算的，与备案是否有效无直接关系。
二. 中级职称的评定与保持
- 评定依据：中级职称的评定通常基于医师的专业技能、工作经验、学术成果等多方面因素，备案只是其中的一个环节，但不是决定性因素。
- 保持条件：一旦获得中级职称，只要医师继续从事相关专业工作，并满足相关要求，其职称就不会因备案无效而受到影响。
三. 实际影响分析
- 例如，一名医师在获得中级职称后辞职，其备案因某种原因被认定为无效。但这并不影响他之前已经积累的中级职称年限，因为他确实在那段时间内从事了相应级别的专业技术工作。
综上所述，医师辞职后备案无效，并不会影响其已经获得的中级职称年限的计算。如有进一步需要，您可以继续咨询我。