针对您提出的问题，当甲方欠乙方工程款，且乙方因此欠农民工工资，同时甲方又申请破产时，这是一个涉及多方利益的复杂问题。以下是一套详细、有条理的解决方案：
一、明确当前状况与各方权益
- 甲方破产：意味着甲方的资产将进行清算，以偿还其债务。
- 乙方欠款：乙方因甲方未支付工程款而面临资金压力，进而欠付农民工工资。
- 农民工权益：农民工是最终的受害者，他们有权要求获得应得的工资。
二、乙方应采取的措施
债权申报：
- 乙方作为甲方的债权人，应积极参与甲方的破产清算程序。
- 向清算小组提交债权申报，明确债权金额和性质。
与清算小组协商：
- 与清算小组保持密切沟通，了解破产清算的进展。
- 争取在清算过程中，乙方的债权能够得到合理确认和优先偿还（根据《破产法》规定，破产人所欠职工的工资等优先清偿）。
保障农民工工资支付：
- 乙方在收到任何款项时，应优先用于支付农民工工资。
- 若资金不足，乙方应积极筹措资金，如通过银行贷款、个人借款等方式。
法律途径追讨：
- 若甲方破产清算后，乙方的债权仍未得到完全清偿，乙方可考虑通过法律途径继续追讨。
- 这可能包括提起诉讼或仲裁，但需注意诉讼时效和证据收集。
三、农民工应采取的措施
了解权益：
- 农民工应了解自己的合法权益，包括工资支付、社会保险等。
- 若乙方无法支付工资，农民工有权向相关部门投诉或寻求法律援助。
参与债权申报：
- 若农民工的工资直接由甲方支付或受到甲方破产影响，他们也可考虑参与甲方的债权申报。
寻求政府或法律援助：
- 农民工可向当地劳动监察部门、法律援助机构等寻求帮助。
- 这些机构可以提供法律咨询、调解、仲裁等支持。
四、总结与建议
积极沟通与合作：
- 乙方应与甲方、清算小组、农民工等各方保持积极沟通与合作，共同寻求解决方案。
加强风险防控：
- 乙方在未来的业务合作中，应加强风险防控意识，避免类似问题的再次发生。
关注法律法规变化：
- 各方应关注相关法律法规的变化，以确保自身权益得到有效保护。
综上所述，面对甲方破产、乙方欠款、农民工欠薪的复杂问题，各方应综合运用协商、法律、筹资和政府或行业协会帮助等多种手段来应对。同时，加强风险防控意识，确保类似问题不再发生。