针对你提出的问题“申请执行超过两年期限中间有和解协议是否怎么办对方提出异议”，首先我们要明确的是，即使申请执行超过了两年的期限，但如果在这期间双方达成了和解协议，情况就会有所变化。以下是对这一问题的详细解答：

1. 超过申请执行期限的影响：

   • 根据《最高人民法院关于适用〈中华人民共和国民事诉讼法〉的解释》第四百八十三条，申请执行人超过申请执行时效期间向人民法院申请强制执行的，人民法院应予受理。被执行人对申请执行时效期间提出异议，人民法院经审查异议成立的，裁定不予执行。这意味着，如果超过了申请执行时效，对方有权提出异议，并且如果异议成立，法院可能会裁定不予执行。

2. 和解协议的作用：

   • 和解协议是双方自愿达成的，对双方都有约束力。如果在申请执行期限内或之后双方达成了和解协议，那么这份协议就成为了新的履行依据。
   • 如果对方在和解协议达成后提出异议，那么首先要看异议的内容是否针对和解协议。如果是针对和解协议本身的异议，那么需要根据协议的具体内容和双方的约定来处理。

3. 处理建议：

   • 首先，检查和解协议的具体内容，特别是关于履行期限、方式和条件的约定。
   • 如果对方提出的异议是针对和解协议的履行，你可以根据协议的约定来要求对方履行，或者通过法律途径来维护自己的权益。
   • 如果对方提出的异议是针对原判决或裁定的，并且涉及到申请执行时效的问题，你需要准备相应的证据来证明你的申请执行是合法的，或者考虑是否可以通过其他法律途径来解决问题。

4. 结论：

   • 总的来说，即使申请执行超过了两年的期限，但如果双方在这期间达成了和解协议，你仍然有权要求对方按照协议来履行。如果对方提出异议，你需要根据异议的具体内容来采取相应的法律措施。

希望这个解答能够帮助你更好地理解这个问题，并为你提供有效的法律建议。如果你还有其他问题或需要进一步的帮助，请随时向我咨询。