这样描述是不够准确和规范的。在施工合同中，关于保证金的描述需要明确、具体，以避免后续的争议。以下是对该描述存在的问题及建议的改进方式：
描述不明确：“扣取5”这样的是指表述过于模糊，不清楚扣取总金额的5%，还是某个具体数额的5。应明确写出具体的比例或数额，例如“扣取合同总价的5%作为农民工保证金”。
法律合规性：根据相关法律法规，施工合同中关于保证金的规定应符合国家关于农民工工资保证金的相关规定。因此，在描述时，应确保该保证金的设置、扣取、使用及退还等流程均符合法律要求。
条款完整性：除了描述保证金的扣取比例或数额外，合同还应详细规定保证金的使用条件、管理方式、退还程序以及违约责任等相关内容，以确保双方权益得到充分保障。
综上所述，建议将施工合同中的保证金描述修改为：“扣取合同总价的5%（或具体数额）作为农民工保证金，该保证金的使用、管理及退还等均按照国家相关法律法规及双方约定执行。”这样的描述既明确了保证金的扣取比例，又确保了其合规性和条款的完整性。如有其他具体法律问题或需要进一步的合同审查，请随时向我咨询。