针对您提出的“判决书生效后又和解，免除了部分违约金，但违约金本来是要上税的，这个和解协议如何处理”的问题，以下是我的详细解答：

首先，结论前置：

和解协议中免除的部分违约金，在税务处理上需要依据相关税法规定进行。一般来说，如果违约金已经作为收入计入应纳税所得额并缴纳了税款，那么免除的部分可能需要通过相应的税务程序进行调整，如申请退税或抵减未来应纳税额。

接下来，详细分析：

1. 税法规定：

   • 根据税法原则，企业或个人取得的收入（包括违约金）通常需要纳入应纳税所得额计算缴纳税款。
   • 如果和解协议中明确免除了部分违约金，那么这部分收入就不再构成应纳税所得额的一部分。

2. 税务处理：

   • 已经缴纳税款的情况：如果违约金在之前已经作为收入计入应纳税所得额并缴纳了税款，那么免除的部分可能需要通过税务部门申请退税或抵减未来应纳税额。
   • 未缴纳税款的情况：如果违约金尚未计入应纳税所得额或未缴纳税款，那么在和解协议生效后，可以直接按照免除后的金额进行税务处理。

3. 具体操作建议：

   • 咨询税务部门：由于税务处理涉及具体的税法规定和税务程序，建议您咨询当地税务部门或专业税务机构，以获取准确的税务处理建议。
   • 保留相关文件：确保保留好和解协议、判决书以及相关的税务文件，以便在需要时提供证明。

4. 法律风险提示：

   • 和解协议一旦达成并生效，即具有法律效力。因此，在签订和解协议前，应仔细审查协议条款，确保自身权益得到保障。
   • 税务处理需遵循相关税法规定，任何违反税法规定的行为都可能面临税务部门的处罚。

综上所述，和解协议中免除的部分违约金在税务处理上需要依据相关税法规定进行。建议您咨询当地税务部门或专业税务机构，以获取准确的税务处理建议，并确保保留好相关文件以备不时之需。