应先抵扣本金再计算利息。具体分析如下：

一. 先抵扣本金再计算利息

在判决被告支付的同时，如果也判决原告返还部分款项，那么通常情况下，这部分应返还的款项会首先被视为对本金的偿还。这意味着，在计算利息之前，应先从被告应支付的总额中扣除原告应返还的部分。

• 法律依据：虽然具体的法律条文可能因地区或具体案件而有所不同，但一般原则是在处理债务时，首先抵扣本金，然后再根据剩余的本金计算利息。

• 实例说明：假设被告需支付原告100万元，同时原告也需返还被告10万元。那么，在实际操作中，会先从100万元中扣除10万元，剩余90万元作为本金，然后再根据这90万元来计算利息。

二. 先计算利息再抵扣的不合理性

如果先计算利息再抵扣，那么可能会导致利息的计算基于一个较高的本金数额，从而增加被告的支付负担。这不仅不符合一般的债务处理原则，也可能导致不公平的结果。

• 实例对比：继续上述例子，如果先计算利息再抵扣，那么利息可能会基于100万元的本金来计算，而不是基于抵扣后的90万元。这显然对被告不利。

综上所述，在判处被告支付的同时，如果也判决原告返还部分款项，应先抵扣本金再计算利息。这样做既符合一般的债务处理原则，也能确保双方当事人的权益得到公平对待。如有进一步需要，您可以继续咨询我。